十日后，征台军登陆台湾，战事总体较为顺利，只在台湾府城、澹水厅两地发生了相对激烈的战斗。
台湾府城位于今之台湾省台南市，是台湾府的府城，也是台湾道道台、台湾府知府、台湾镇总兵的驻地。
一城驻有一道台、一知府、一总兵，自然是台湾清军的防御重点。清军在此驻扎了四千人马，然则疲弱不堪。
台湾镇总兵是个旗人，不愿投降革命军，故奋不顾身，作战颇为勇勐。府城靠近大海，全靠炮台防御。
革命军派战舰逼近府城，利用大炮轰击城墙。又派出三千登陆兵，在府城南翼登陆。清军在城外略作抵抗，即收缩防线，退回城内。
战至第三天，革命军扫清府城外围障碍，架设云梯突入城内，攻破台湾府城。
府城一破，总兵战死，道台投降，清军顿失凭恃，群龙无首，再也不能形成有力的抵抗。
不久之后，杨国瑞率征台军司令部进驻府城，在此布告四方，宣布成立台湾军政府。
台南的局势迅速稳定下来，征台军随即北上，扫荡台湾西海岸，嘉义、彰化等重镇皆望风而降。走到澹水厅，遭遇到一股强有力的抵抗。
澹水厅初设于1723年，掌管台湾中部以北区域。厅治本设立于台湾中部的彰化。1756年，，澹水厅官署移至竹堑（今新竹）。自此之后，竹堑城成为北台湾政经文化教育的中心。
澹水厅有一个名叫姓陈的大地主，坐拥土地上千顷。他仇恨革命军，害怕革命军没收他的土地，纠集了两千名团练，号称“虎头军”，试图阻挡革命军进占澹水。
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