征台战役，由杨国瑞负责指挥。未来的台湾军政委员会主任，也将由杨国瑞担任。
杨国瑞年轻有为，又是杨烜的九叔，地位晋升很快。征越战役中，杨国瑞担任征越军司令部参谋长，辅左罗大纲攻下交趾，事后受封男爵，军衔晋升为准将。
有了这种经历，杨国瑞便有了独当一面的资本。再加上交趾局势已经稳定，杨烜特意抽调他进攻台湾。
5月10日，征台军从金门出发，前往征伐台湾。
部队分为两个梯队，第一梯队照例由南洋舰队担任先锋。第二梯队共七千多人，主要由步兵第二师两个步兵团组成。
第二师一直驻防交趾。因交趾战事已靖，步二师特意抽出两个步兵团，作为进攻台湾的陆军主力。事后，杨国瑞将以这两个步兵团为基础，组建台湾守备师。
5月11日，南洋舰队先遣支队抵达澎湖。澎湖位于西南部海域，是台湾清军防范大陆来敌的防御重点。
清军福建水师设有一个台湾镇总兵，为清朝在台湾的最高武官。此公是个旗人，不愿不战而降，在澎湖集中了一批战船，主动迎战革命军。
南洋舰队有六艘蒸汽战舰参战，最大一艘排水量为两千三百吨。这些蒸汽战舰都是西式木质战舰，有四艘购自外国，两艘自造。铁甲炮艇排水量小，不能远洋作战，所以并未参战。
令人意外的是，台湾镇水师战船上，已经装备上了洋炮，还有少量怡和公司生产的旧式火炮。这种新式火炮较清军自铸火炮先进得多，对革命军水师亦有威胁。
原来，瑞麟做闽浙总督时，听从幕僚徐师爷的建议，购买了一批洋枪洋炮。
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近海作战，革命军海军有铁甲炮艇打头阵，完全不惧洋炮。在澎湖外海，台湾镇水师战船上有洋炮，革命军就不能等闲视之了。
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