咸丰二年，彭玉麟的母亲去逝，他在家为母丁忧，曾国藩得知其才能，请其出山，为湘军做事，彭玉磷同意。他在衡州与曾国藩创办湘军水师，铸造火炮，制造大船，制船制营制章程。
咸丰四年，也就是今年年初，湘军衡州船厂毕工。是时，湘军水师初具规模，有湘勇五干人，被编为十营，其中在湘潭的有四营，以褚汝航、夏銮等为营官；在衡州的有六营，以彭玉麟、杨岳斌等为营官。当时其余九营多为武员，奏事都要倚仗彭玉麟，于是彭玉麟成为了实际上的水师领导者，“草创规制多所赞画”。
后世都说彭玉磷是湘军水师的缔造者，同时满清海军也是湘军水师演变而来，所以说彭玉麟也算是满清水师的创始人，是中国近代海军的奠基人。
其实，彭玉磷不过是擅长做事，他并没有专门学习过海军知识。营造战船的条目不过都是从书上学得。
但是他督造的战船，结构坚固，样式统一，还有不同类型、不同功能的战船。比那些野路子要强多了。
然而跟班算不上什么海军，只能算是老式的水军。
不久后，曾国藩发布《讨粤匪檄》，督湘军水师、陆师共计一万七干余人，自衡州启程，开始北伐。
不久后，太平军石祥祯部击败曾国藩湘军，再占岳州，湘军水师往长沙撤退。
与此同时，太平军林绍璋部攻占了湘潭，长沙也被围困，湘军大本营被威胁。
曾国藩召集诸营官议战守，推彭玉麟决策。彭玉麟支持左宗棠的观点，力主以主力攻打湘潭。
按照彭玉麟的规划，曾国藩派褚汝航领湘军水师五营驰赴湘潭，助塔齐布所率陆师攻打西征军。
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